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本月博客的主题是用Mascot 鉴定DIA数据中意料之外的修饰

本月的特色文章中，作者使用激光显微切割研究了子宫癌肿瘤的空间异质性。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们

本月Tips：我们删除了Mascot Server中少量过时的数据库预定义

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Mascot: 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

在窄窗口DIA数据中找到预料外的修饰

大多数当前的 DIA 软件以肽为中心，需要一个谱图库来进行肽段鉴定。 这通常会限制可容纳的最大蛋白质序列数、可变修饰和漏切位点。Mascot 以谱图为中心的方法没有这些限制，Mascot error tolerant(ET) 搜索作为一种强大的方法，用于识别窄窗口 DIA 数据中预料之外的序列突变、修饰和非特异性酶切产物。

我们对 PRIDE 前列腺癌数据集执行了 ET 搜索，其数据在DIA模式下以 8 m/z 隔离窗口获取。 ET 搜索执行了两个阶段的搜索过程：第一阶段搜索使用指定的搜索参数执行，第二阶段搜索将搜索范围缩小到仅第一阶段搜索鉴定标准的蛋白质，并扩大搜索空间，将化学和翻译后修饰、氨基酸残基置换和酶特异性放宽考虑在内。

ET 搜索以 1% PSM FDR 发现了另外 6835 个显着的 PSM 和 1072 个肽段序列。 这些额外的匹配是由于非特异性切割、脱酰胺、磷酸化和糖基化以及主要序列变异造成的。

前往我们的博客以了解更多信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Mapping three-dimensional intratumor proteomic heterogeneity in uterine serous carcinoma by multiregion microsampling

Allison L. Hunt, Nicholas W. Bateman, Waleed Barakat, Sasha C. Makohon-Moore, Tamara Abulez, Jordan A. Driscoll, Joshua P. Schaaf, Brian L. Hood, Kelly A. Conrads, Ming Zhou, Valerie Calvert, Mariaelena Pierobon, Jeremy Loffredo, Katlin N. Wilson, Tracy J. Litzi, Pang-Ning Teng, Julie Oliver, Dave Mitchell, Glenn Gist, Christine Rojas, Brian Blanton, Kathleen M. Darcy, Uma N. M. Rao, Emanuel F. Petricoin, Neil T. Phippen, G. Larry Maxwell & Thomas P. Conrads

Clinical Proteomics volume 21, Article number: 4 (2024)

作者调查了子宫浆液性癌 (USC) 肿瘤微环境中的三维异质性。 他们使用空间分辨激光显微切割 (LMD) 从九名患者的肿瘤组织样本中选择细胞亚群。

块通过冷冻切片机切成连续的 10 µm 组织切片，并使用 LMD 在标本块的 5 个独立的空间不同层次中分离富集的肿瘤上皮 (ET) 或肿瘤相关基质 (ES) 细胞。 LMD 组织经过胰蛋白酶消化，每个样品的 5 µg 胰蛋白酶肽段用异丙醇 16 重串联质量标签标记。在 LC-MS/MS 之前，样品通过碱性反相液相色谱分离。蛋白质水平丰度根据对应于单个蛋白质登录号的至少两个 PSM 的 TMT 报告离子比率计算。

对每个患者特有的平均 9548±450 个蛋白质进行了定量分析，其中在所有九名患者中共同定量分析的蛋白质总共有 6503 个。 对 351 种差异蛋白质（绝对中位差 >1）进行无监督层次聚类分析，揭示了两个主要分支，其中 ET 样本与 ES 样本独立聚类。反相蛋白微阵列数据显示有 160 种蛋白质与 MS 共同定量。

他们还将本 USC 研究中 ET 和 ES 之间显著改变的蛋白质与他们之前卵巢癌数据集中的蛋白质进行了比较。 他们发现总共有 313 种蛋白质发生共同改变，并在 ET 和 ES 之间表现出相同的丰度趋势。

删除过时的数据库预定义

Mascot服务器自带了多个数据库的预定义配置，并存储在databases_1.xml中。这些配置包括现在常用的数据库，如SwissProt的定义，以及一些现已过时的定义。

国际蛋白质索引（IPI）是由EBI在2004年构建的，从Mascot Server 2.4版本开始作为预定义的数据库被添加到databases_1.xml中。2011年9月，该数据库被Uniprot蛋白质组取代，但由于FASTA文件仍可获取，我们因此一直保留着这个定义。然而，现在FASTA文件已从EBI网站上消失，因此我们也从databases_1.xml中删除了IPI数据库的定义。

我们还移除了SARS-CoV-2 数据库的预定义设置。这是Uniprot在2020年创建的一个预发布数据库。这些序列后来经过审核并被加入到SwissProt中，因此它们不再有任何价值，已经从预定义列表中删除。

尽管相关数据库的预定义设置已被删除，但在本地安装的Mascot Server中的数据库并未被删除。如果启用了上述数据库，它们的本地设置将指向旧版本的databases_1.xml，序列数据库将继续运行。然而，已删除的数据库在新系统中无法激活，除非更改设置；同样，一旦在同一系统中删除了某个数据库，就无法重新启用它。如果仍需要这些数据库，建议在数据库管理器中创建一个本地副本并进行备份。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自 Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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