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Quantifying the Impact of the Peptide Identification Framework on the Results of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis
Marek Zakopcanik, Daniel Kavan, Petr Novak, and Dmitry S. Loginov
J. Proteome Res. 2024, 23, 2, 609–617
论文作者详细研究了 Mascot 和 PEAKS在鉴定血红蛋白-巯基蛋白快速光化学氧化（FPOP）的肽段和修饰位点方面的性能，其数据集来源于timsTOF。
作为论文众多例子之一，三价肽 VADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHK 中 Met15 的氧化在两个搜索引擎都能被识别出大量的碎片离子并拥有很高的分数，但 PEAKS 没有考虑到 Mascot 所给出的相对较强的 y14 和 b18 离子信号。 此外，Mascot 对氧化定位的确定性评估几乎 100%，而 PEAKS 只能将其确定性评估为低等级，AScore 为 11.12。 在其他情况下，PEAKS 的 AScore 值无法为修饰定位的确定性提供可靠的指导，而 Mascot 即使 PSM 分数较低，也有能力评估可能的定位点。
在论文的最后，作者指出："我们的结论是，在 FPOP 数据中使用 Mascot 可以提供更可靠、更易懂的鉴定结果，并减少人工验证的需要"。
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