欢迎

Mascot Server 3.0 通过预测保留时间识别到的肽段数量比以往任何版本都多。新的教程展示了如何使用该功能。

本月的重点刊物中，作者揭示了泥炭藓细胞器蛋白的N端甲基化现象。

更新到 Mascot Server 3.0 非常简单，目前仅有几个已知影响第三方工具的问题。

此外，Mascot Server 3.0 的新功能和改进概览现已在Youtube上发布。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

选择最佳的DeepLC模型

Mascot Server 3.0 包含 DeepLC，这是一种使用卷积神经网络（深度学习）架构的保留时间（RT）预测器。Mascot 中进行 RT 预测的目的是提高数据库搜索结果的灵敏度。

开始使用时，选择适合您的色谱柱类型和实验参数的 DeepLC 模型。Mascot 计算观察到的 RT 与预测的RT 之间的差值（delta），并将其与核心特征结合起来。然后，Percolator 使用半监督机器学习，基于核心特征和 RT delta 来找到正确匹配和错误匹配之间的最佳分离。预测的 RT 具有很大潜力，因为它与从 MS/MS 谱图计算的度量是“正交的”。

Mascot 提供了针对不同色谱柱和实验类型的 20 种模型，但无需逐一尝试。创建简短列表的步骤在教程中有描述。一旦找到适合实验条件的模型，就不必重复此过程。只需在 Daemon 参数编辑器中将模型保存为默认设置，或者将其保存为cookie，作为搜索表单默认值。

Mascot 通过提供机器学习质量报告，消除了机器学习中的猜测成分。该报告包含 DeepLC 模型性能的指标和可视化，帮助您快速评估所选模型是否适合您的数据。

完整的教程可在我们的网站上获取。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

A snapshot of the Physcomitrella N-terminome reveals N-terminal methylation of organellar proteins

Sebastian N. W. Hoernstein, Andreas Schlosser, Kathrin Fiedler, Nico van Gessel, Gabor L. Igloi, Daniel Lang & Ralf Reski

Plant Cell Reports, 43, 250 (2024)

作者利用来自24个不同实验的蛋白质组数据，研究了泥炭藓中蛋白质N端乙酰化和甲基化。泥炭藓是一种用途广泛的模式生物，广泛应用于基础研究，也可用作重组生物制药的生产平台。

这24个实验涵盖了多种组织和处理类型。在每个实验中，富集N端肽段，通过还原性二甲基化阻断游离氨基酸，并利用蛋白酶解去除内部肽段。LC-MS/MS分析后，用Mascot搜索谱图并导入到Scaffold 5中。作者使用严格筛选条件（肽段 FDR≤0.08 %，蛋白质 FDR ≤0.4%），总共鉴定到了 11,533 个蛋白 N 端，对应 4517 个蛋白。在鉴定出的 N-末端中，约 25% 被乙酰化，4% 被甲基化或带有焦谷氨酸。这些新数据可用于优化计算靶向预测器并靶向定位定制的蛋白融合体。

一个意外发现是质体和线粒体蛋白的N端单甲基化，影响N端的丙氨酸、丝氨酸以及甲硫氨酸。作者提出PpNTM1（P. patens alpha N端蛋白甲基转移酶1）可能是质体、线粒体和细胞质中蛋白质甲基化的候选酶。

Mascot Server 3.0兼容性

更新至Mascot Server 3.0非常简单：只需下载安装包并运行setup64.exe（Windows），或在现有安装基础上解压文件（Linux）即可。我们努力保持与应用程序编程接口（API）和现有搜索结果的向后兼容性。对于第三方应用程序存在一些已知问题，但都提供了相应的解决方法。

Proteome Discoverer（Thermo Scientific）：Mascot 节点会进行版本检查，但检查失败的原因是它认为主要版本号是 2.x，而不是 3.x。我们在网站上提供了一个热修复程序，并且 Thermo 已告知我们此错误将在下一版本的 Proteome Discoverer 中修复。

Scaffold（Proteome Software）：当前版本的 Scaffold 仅支持旧的 (.dat) 格式的结果文件。请在 Mascot 结果报告中将结果导出为 “Mascot DAT” 格式，或启用兼容性设置（AlwaysCreateDat28ResultsFile），强制 Mascot 将结果保存为旧格式。我们正与 Proteome Software 合作，在 Scaffold 的下一个版本中添加对 MSR 文件的支持。

BioTools 和 BioPharma Compass（Bruker）：这些产品可以提交搜索，但最初无法下载结果。请启用兼容性设置（AlwaysCreateDat28ResultsFile），强制 Mascot 将结果保存为旧的 (.dat) 格式。我们正在与 Bruker 的开发人员联系，协助他们解决 BioTools 和 BioPharma Compass 中的问题。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com