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Mascot Server 3.0借助预测的碎片离子强度显著提升了肽段鉴定能力 —— 新教程现已上线。

本月的重点刊物介绍了自连接表面受体在活化的细胞毒性 T 细胞中的作用。

当您只需要搜索结果的简单 HTML 文档时，可以从 Protein Family Summary中保存。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

选择最佳的MS²PIP模型

Mascot Server 3.0 集成了 MS²PIP，可根据肽段序列、电荷状态和修饰情况预测 MS/MS 碎片谱图。Mascot 的碎片强度预测功能旨在提高数据库搜索结果的灵敏度。

在数据库搜索结束时，Mascot 会将搜索结果的预测谱图与观测谱图进行比较。对于错误匹配，预测到的谱图与实际谱图之间的相关性通常是随机分布的；而正确匹配的相关性应较高。Mascot 将谱图相关性与核心特征相结合，并利用 Percolator 区分错误匹配与正确匹配。

Mascot 提供了 13 个预训练模型，覆盖了大多数仪器类型。CID 模型是所有线性离子阱的良好起点；对于 Thermo Orbitrap 仪器，HCD2021 模型是最佳选择；TTOF5600 模型适用于 Sciex 5600 和 6600 系列仪器，提供优异的预测效果；timsTOF2023 和 timsTOF2024 模型则适合用于 Bruker timsTOF 仪器。

Mascot 提供机器学习质量报告，消除了使用机器学习时的猜测不确定性。该报告包含 MS²PIP 模型性能的指标与可视化图表，帮助您快速评估所选模型是否适合您的数据。

完整的教程可在我们的网站上获取，视频教程可以在Youtube上找到。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

SLAMF7 (CD319) on activated CD8⁺ T cells transduces environmental cues to initiate cytotoxic effector cell responses

Holger Lingel, Laura Fischer, Sven Remstedt, Benno Kuropka, Lars Philipsen, Irina Han, Jan-Erik Sander, Christian Freund, Aditya Arra & Monika C. Brunner-Weinzierl

Cell Death & Differentiation (2024), doi:10.1038/s41418-024-01399-y

自连接表面受体 SLAMF7 是新型癌症疗法的一个临床相关靶点。研究作者探讨了 SLAMF7 刺激对 CD8⁺ T 细胞在细胞毒性 T 细胞反应启动阶段的影响。他们发现了一种新功能，即 CD8⁺ T 细胞可以利用 SLAMF7 将环境信号转化为细胞间相互作用。通过 pull-down 实验和网络分析，鉴定出了与 T 细胞接触形成相关的新型细胞内结合分子。

在 pull-down 实验中，CD8⁺ T 细胞与 αCD28 抗体以及磷酸化和非磷酸化合成肽共同裂解。结合的蛋白通过 SDS-PAGE 分离后，在胶内进行酶切和 18O 标记。肽段通过 LC-MS/MS 进行两次重复分析，18O 定量由 Mascot Distiller 和 Mascot Server 数据库搜索完成。

将搜索结果保存为HTML

Mascot Server 提供交互式报告，用于浏览数据库搜索结果。这些结果可以导出为多种 XML 和电子表格格式，但对于非专业用户，有时只需要一个简单的已鉴定蛋白质和肽段的文档即可。

操作非常简单：在 Protein Family Summary 报告中打开搜索结果（该报告是 MS/MS 搜索的默认选项）。选择在一个页面上查看所有蛋白质匹配结果，然后点击 Expand All 按钮。这将展开蛋白质匹配信息和对应的肽段匹配表格。通过网页浏览器将页面保存为 HTML 文件，并发送给最终用户。

生成的 HTML 文档包含蛋白质匹配摘要和支持每个蛋白匹配的关键肽段证据。如果您不需要肽段信息，可以通过 Report Builder 标签轻松保存过滤后的蛋白匹配表格为 CSV 文件。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

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